Die Merck KGaA (Kommanditgesellschaft auf Aktien) ist die Dachgesellschaft für die operativen Geschäfte der Merck-Gruppe. Rund 30 Prozent der Merck KGaA sind im Besitz freier Aktionäre, rund 70 Prozent gehören der Familie Merck über die persönlich haftende Gesellschafterin E. Merck KG.
Neben der Produktion verschiedener Arzneimittel und Chemikalien sind hier auch zahlreiche Abteilungen beheimatet, deren Mitarbeiter die Tochtergesellschaften unterstützen und zentrale Dienstleistungen erbringen, beispielsweise in den Bereichen Personal, Recht und Patente, Technik und IT, Einkauf und Logistik, Marketing und Vertrieb sowie Rechnungswesen und Controlling.